工程签证单最核心的功能之一是对合同价款之外的费用进行结算。工程实务中，发包人对于工程签证单涉及工程价款的确认，一般分为四种类型: 一是确认签证工程价款金额；二是对工程价款金额不予认可，但对工程量于以确认；三是发包人直接批注具体的工程价款金额或具体的工程量；四是对于工程价款的金额及工程量均不认可，但确认增加签证项目的施工，具体结算再议。对于工程签证的结算主要围绕这四种类型展开。此外，对于发包人不予认可存在签证工程或承包人单方提供的工程签证单的情况下，如何认定也是工程签证结算中需要考虑的内容。

(一)工程签证单的金额或工程量经发包人确认的直接计入工程价款结算范围

第一，发包人确认工程签证单金额的，说明承、发包双方对签证工程的结算已达成一致，应在工程竣工价款结算中予以体现

第二，工程签证结算的核心是对签证工程量的认定，在双方对于工程签证单所记载的工程量没有争议的情形下，对于价格的确认，可由双方协商确定，如果协商未成，应分析签证工程的性质，是属合同范围外的新增工程项目还是原有工程项目增加施工量，在此基础上依据签证工程的不同性质确定具体的计价标准进行结算。本章第二节对于增加施工项目或增量工程的结算原则已作详细论述，应按此标准执行，这里不再赘述。

(二)工程签证单的“量”“价”未被确认的通过司法鉴定予以查明

这里需明确，发包人的不予确认是对工程签证单记载的工程量或工程价款不予认可，但对于签证工程的真实性没有异议。在此情况下，首先，应由双方就该签证工程的结算价款进行协商。协商不成的，法院可委托司法鉴定部门进行司法鉴定，具体可根据承包人的施工资料以及竣工图纸等予以查明，必要时可会同各方进行实地勘察，甚至做破坏性的检测，以查明具体的工程量。比如，地下渣土层的厚度，需要根据规范检测要求分别打眼检测。其次，如果根据竣工图及实地勘察等，均无法查明签证工程量的，比如施工中的抹灰工程，抹了几层，很难查明，此时应由发包人进行举证对签证单的记载予以否定，否则应认可工程签证单的证明力，发包人承担举证不能的法律后果，双方按签证单记载的工程量进行结算，具体计价标准根据签证工程的性质予以确定。

需要指出，这一处理规则同样适用于发包人施工指令下的无效工程签证单的结算纠纷处理。第一，虽然工程签证单因不符合双方约定的签证程序或存在其他瑕疵问题而导致无效，但对于承包人已进行签证工程的施工这一客观事实应该予以认定。第二，工程签证单无效，由此上面所记载的工程量或工程金额均不能适用，在此情况下，对于签证工程的工程价款可先由双方协商确定，如未能协商一致的，法院可委托司法鉴定予以认定。

(三)发包人单方在工程签证单上的批价、批量不应予以认定

工程实务中，一般而言，承包人向发包人提交的工程签证单或记载工程量，或记载其体的工程价款金额，仅记载施工内容的相对较少。实践中，常发生发包人不认可承包人在工程签证单上的申报工程量或价格，而是在签证单上另行确认一个具体金额或一个具体的工程量，在建设工程竣工结算时，发包人要求按其批注的金额或工程量进行结算，而承包人要求按其申报的价格或工程量计算结算价款。对此争议，应作如下认定:

第一，发包人在工程签证单上确认的金额及工程量，是发包人单方面的意思表示，既无证据证明该确认体现了签证工程量的真实价值，也未得到承包人的认可，因此在工程价款结算时不能以发包人的签证批注为依据。

第二，发包人不认可承包人的签证申报，其批注的金额或工程量也未被承包人所认可，在双方就此未能通过协商达成一致的情况下，对于具体施工工程量的认定可由承包人提供其他相应证据予以证明，无法通过举证查明的，法院可委托司法鉴定予以查明。