承包人不履行配合工程档案备案、开具发票等协作义务，发包人可依法要求其限期履行、承担赔偿责任（《第八次全国法院民事商事审判工作会议（民事部分）纪要》）

承包人不履行配合工程档案备案、开具发票等协作义务，人民法院视违约情节，可以依据《合同法》第60条、第107条（现民法典第509条、第577条）规定，判令承包人限期履行、赔偿损失等。