第一种情形：《解释》第16条第一款规定：“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程款”。具体到司法鉴定中，就是必须遵循从约原则。任何人包括法官不能任意否定合同约定。 建设工程造价争议首先是一个合同问题，一项具体的建设工程施工合同造价，是当事人经过利害权衡，竞价磋商等博弈方式达成的特定的交易价格，不是某一合同交易客体的市场平均价或者公允价格。根据《合同法》的自愿和诚实信用原则，只要建设工程施工合同纠纷当事人约定不违反国家法律和行政法规，不管双方签订的建设工程施工合同或者具体条款是否合理，建设工程司法鉴定人员均无权自行选择或者否定当事人之间有效的建设工程施工合同合同或补充协议约定的内容。

第二种情形：《解释》第16条第二款规定：“因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程款不能协商一致的，可以参照签订合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款”根据该规定，在司法鉴定中，只有当事人在建设工程施工合同中没有约定价格条件，或者价格条件约定不明，同时又没有其他可以确定工程造价的合同依据时，才可以套用行业统一定额作为工程造价的依据。

第三种情形：黑白合同按白合同结算的问题，《解释》第21条规定：“当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质内容不一致的，应以备案的中标合同作为将结算工程价款的依据”。在实践中，往往会有两份以上内容不同的建设工程施工合同，在建设工程施工合同发生纠纷委托鉴定时，建设工程发包方主张按黑合同约定的计价方式为结算依据，承包方主张按白合同作为结算依据。在建设工程实践中，尽管建设工程施工合同纠纷双方当事人也确实是按黑合同在履行，但是一旦发生结算纠纷，依照该《解释》规定，只要该工程是经过招投标方式发包的，在确定结算或者鉴定依据时，就应当以建设行政主管部门备案的建设工程施工合同，也就是该规定所说的白合同为结算依据。

诉讼过程中鉴定常见问题 1、鉴定结构随意确定鉴定依据；2、法官不组织当事人对鉴定材料进行实际、全面的质证；3、律师不专业、不知道如何处理鉴定过程中的问题，听之任之；