工程实务中的一种常见现象是，在施工合同的履行过程中，虽然施工合同对于工程款的支付方式有明确约定，但实际履行中并没有执行，从开始就是由发包人将工程进度款以银行票据的方式直接交给实际施工人，实际施工人将票据直接转账使用购买建筑材料等，或解入承包人账户，承包人对此并无异议并在收款后扣除相应管理费将余款转交给实际施工人。

虽然承包人没有明示放弃直接收款的权利，但这种支付方式在三方之间形成了一种默契和惯例，承包人也没有提出异议，应认定施工合同关于付款方式的约定已发生了事实上的变更，其直接后果是对合同双方发生约束力。

因此，当纠纷发生、实际施工人领款后直接卷款出走，承包人以发包人违反合同约定为由，不同意将实际施工人领走的钱款计人发包人已付工程款的主张，应不予支持，这也是承包人缺乏对实际施工人加强管理所造成的后果，相应的民事责任应由承包人或被挂靠人自行承担。