认定建设工程“黑白合同”的主要标准之一就是另行签订的合同是否对施工合同的实质性内容作出变更。同时要注意并非双方另行签订的合同只要形式上对建设工程施工合同的实质性内容作出了变更就构成“黑白合同”，如在“四川省第一建筑工程有限公司与昭通市泰斗房地产开发经营有限公司建设工程施工合同纠纷一案”中，对于双方在合同履行过程中另行签订的《7月29日补充协议》是否构成“黑白合同”，二审法院认为，虽然补充协议取消通过招投标程序签订的《建设工程施工合同》中工程款计价后总额下浮5%的约定对中标备案合同的实质性内容确有变更，但究其背景与缘由，是因昭通市泰斗房地产开发经营有限公司工程进度款支付不到位，所提供的混凝土不能满足现场施工进度需要等原因导致工程全面停工，当事人为尽快复工、减少损失，保障各方权利而根据实际情况协商一致的结果，不是背离中标合同实质性内容，通过签订“阴阳合同”或者“黑白合同”，进行不正当竞争，损害其他竞争者的利益、破坏竞争秩序，或者串通投标，达到损害国家、社会公共利益和他人利益的目的，与招标投标法及司法解释相关规定并不相冲突。1 在建设工程施工合同纠纷案件中，认定是否构成“黑白合同”，尤其应当注意“黑白合同”与意思自治下的合同变更之间的区别。从司法实践来看，“黑合同”既可能签订于“白合同”之前，也可能签订于“白合同”之后。在“白合同”之后另行签订的合同，既可能于双方实际履行合同之前签订，也可能是在合同履行过程中签订。对于在合同履行之前另行签订的合同，如果其内容对中标备案合同的实质性内容作出了变更，一般认定构成“黑白合同”，如果是对中标备案合同的非实质性内容进行变更，一般认定为“合同变更”。

对于合同履行过程中双方另行达成的变更中标备案合同实质性内容的协议的性质，不应仅从形式上进行判断，而应结合工程的具体情况以及协议的内容综合进行认定。建设工程项目施工周期长，受影响因素较多，施工过程中，发包人变更设计、未及时支付进度款、未依法申请办理相关许可证件等都会影响建设工程施工合同的履行。在影响合同履行的特定事由发生后，双方基于客观实际情况，通过协商另行达成协议对中标备案合同的工程价款、建设工期、工程范围、工程量等实质性内容作出变更，是双方行使合同自治权的结果，不违反法律规定。这种情况下，不应将其认定为“黑白合同”。但是，对于必须招标的工程，由于发包人变更设计等原因，需要对建设工程施工合同的实质性内容进行重大变更的，应当通过重新招标的方式另行签订合同。如果双方在合同履行过程中，出于规避“黑白合同”的相关规定等目的，对中标备案合同的实质性内容进行变更的，仍应认定其构成“黑白合同”。