第一，对于未批先建等合法建设手续暂时欠缺的工程，往往存在政府部门一路“开绿灯”的现象。此类违法建设工程往往能够通过竣工验收，甚至验收过程中均有质量监督单位参与。在落实用地指标、规划指标后，此类违法建设工程能够顺利转为合法建设工程。

第二，对于违法建设，通常要解决已建工程质量评价和使用后续质量评价。 对于已建工程质量评价，除需要提交符合一般新建工程质量评价的文件外，建设单位还应提交:各参建主体作出的质量保证意见；质量监督机构核实工程质量并实施监督的书面意见；委托具有资质的检测机构对地基基础和主体结构是否符合质量标准出具鉴定意见，必要时应对鉴定意见委托第三方机构进行复核并出具复核意见。对于使用后续质量评价，应综合使用方意见，由施工单位对缺陷责任期、 质量保修期范围内出现的各类质量问题进行处理，并委托有资质的检测机构对地基基础和主体结构作重点检测。对于质量评价过程中出现的不同检测机构鉴定意见不一、参建单位矛盾激化意见相左等问题，还可通过专家评审的方式解决。